Wikimedia Commons. *Componentes de una base de datos* (CC BY-SA)

Hay diversas estrategias de acceso a datos para gestionar la persistencia de los datos:

Mediante ficheros.
Bases de datos, que pueden ser:
- Relacionales,
- Orientadas a objetos,
- Objeto-relacionales.
Mapeo objeto relacional (ORM).
Bases de datos XML (eXtensible Markup Language).
Bases de datos NoSQL

Al principio, en los primeros tiempos de la informática, los datos se guardaban en ficheros convencionales. Con el tiempo, y la experiencia de trabajar con dichos ficheros, se observaron los inconvenientes de los ficheros, y para intentar solucionar los inconvenientes que se observaron surgieron las bases de datos, que entre otras ventajas permitían:

Eliminar el problema de la información redundante.
Eliminar información inconsistente.
Globalizar o centralizar la información.
Garantizar el mantenimiento de la integridad en la información. Únicamente se almacena la información correcta.
Independencia de datos. La independencia de datos implica una separación entre programas y datos, es decir, se pueden hacer cambios en la información que contiene la base de datos, o tener acceso a la base de datos de diferente manera, sin tener que hacer cambios en las aplicaciones o en los programas.

¿Qué sistema elegir?

No hay una respuesta fácil para esta pregunta.

No se puede afirmar que haya un método que sea el mejor de manera absoluta. Más bien, la cuestión es tener claro qué tipo de aplicación hay que construir y, según eso, estudiar qué tipo de sistema de almacenamiento será mejor usar: si una base de datos orientada a objetos, o una base de datos XML, NoSQL etc.

Un ejemplo:

si voy a crear una base de datos para guardar una pequeña colección de comics, probablemente no me va a interesar utilizar una base de datos Oracle, sino un producto mucho más barato, y sencillo de instalar y mantener, como por ejemplo, LibreOffice Base.
podemos usar la colección anterior como base para una web de aficionados a los comics donde puedan aportar los suyos propios o incluso creaciones. Además, se podrían guardar comentarios, puntuaciones, intercambios o ventas. Para este caso, es probable que prefieras montar un servidor MySQL.